Вопросы новейшей... часть 7.

[Roby-зайка]

Сообщение от Juli_V

Вот те и евросоюз.
Прям как рынки расщирять, так мыж братья, а как корона так каждый сам за себя.
Не понимают буржуи, чо такое союз. )))

Ага. Такой грустный ихний МВД, такой грустный Такое тяжёлое решение приняла Германия, такое тяжёлое - закрытие границ. На меня это так давит, так давит, я сильно убеждённый европеец, но это необходимо. Защитить население и замедлить хождение вируса через границы - это самое главное.

La protection de la population doit avoir la priorité, il faut ralentir la progression du virus et pour cela il est nécessaire d'empêcher sa propagation de part et d'autre des frontières", a-t-il dit.

La fermeture des frontières est une décision difficile, "qui me pèse en tant qu'Européen convaincu", mais "elle est nécessaire", a-t-il ajouté.

Напутешествовалась я по заграницам за свою жизнь. Хватит до гробовой доски впечатлений и воспоминаний.

[CanisS]

https://twitter.com/VOAChinese/statu...09306140139520
теперь в Хабаровске

美国之音中文网
@VOAChinese
俄罗斯哈巴罗夫斯基（Khabarovsk）的正教信徒们14日参加大型� �会活动。人们排着队亲吻圣像。信徒相信亲吻圣像具有治愈� ��效果。为减少新冠病毒传播，俄罗斯正教会建议将信徒徒们 要亲吻或接触的神像等消毒。一些信徒表示他们并不感到害� �。
https://bit.ly/3d3RdHZ
Язык оригинала: китайский, переведено с помощью
Православные христиане в Хабаровске, Россия, приняли участие в большом церковном мероприятии 14-го. Люди выстроились в очередь, чтобы поцеловать икону. Верующие считают, что поцелуй иконы оказывает лечебное воздействие. Чтобы уменьшить распространение вируса новой короны, Русская православная церковь рекомендует дезинфицировать идолов, которых верующие целуют или трогают. Некоторые верующие говорят, что они не боятся.
https://bit.ly/3d3RdHZ

[Bright]

Закончился майонез, прошвырнулись по нашим магазинам, все есть, туалетной бумаги - завались, гречки полно разной, как и всякой другой крупы, макарон, консервы тоже всякие как были, так и есть. Цены - тоже те же.
Пустых полок не замечено.
О, укроп в 5-ке в 100 гр. упаковках вымели, но таки, полагаю, потому что он со скидкой, по 40 руб.
Гречка Мистралевская по 50 (цена типа со скидкой), но другая есть и дешевле.

Что еще, ни масок, ни перчаток нет ни на ком. Вообще. Хотя кассиршам бы, наверное, надо...

[Kafka68]

Про тесты и тестирование:

Диагностика коронавируса SARS-CoV-2 в России вызывает много вопросов. Самый очевидный из них: почему в России так мало зарегистрированных случаев заражения при обширной границе с Китаем и серьезными пассажиропотоками со странами, в которых выявленных случаев заметно больше? По официальной статистике Роспотребнадзора на 12 марта «в Российской Федерации зарегистрировано 28 случаев коронавирусной инфекции, из них 2 у граждан КНР, 25 у граждан России, вернувшихся из Италии, 1 у гражданина Италии». В то же время Роспотребнадзор сообщает, что «на 11.03.2020 проведено 76*963 лабораторных исследований, выполненных центрами гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации, на наличие нового коронавируса в материале от людей, прибывших из стран, неблагополучных по новой коронавирусной инфекции».

Лабораторная диагностика по определению инфицированности пациентов проводится с помощью ПЦР-тестов для выявления РНК коронавируса, основным видом биоматериала для исследования является мазок из носоглотки и/или ротоглотки. С самого начала в России эти анализы проводят исключительно центры гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации, а единственная тест-система, используемая в этих центрах, разработана Государственным научным центром «Вектор» и зарегистрирована Росздравнадзором 11 февраля 2020 года (регистрационный номер — РЗН 2020/9677).

Всего же в реестре медицинских изделий Росздравнадзора на сегодня зарегистрированы три тест-системы для выявления РНК нового коронавируса: две — от ГНЦ «Вектор» (вторая зарегистрирована 14 февраля 2020 года и, по нашим сведениям, является проверочной), а еще одна — от ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» Минздрава России (ЦСП). Последняя зарегистрирована только 6 марта и на данный момент не используется.

По нашей информации, на разных стадиях разработки и испытаний находятся тест-системы, создаваемые в компании «ДНК-Технология», Научно-исследовательском институте микробиологии Министерства обороны Российской Федерации (48 ЦНИИ МО РФ) совместно с компанией СИНТОЛ, вероятно — в ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, а также в НИЦ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России (НИЦ им. Н.Ф. Гамалеи).

Основная и пока единственная используемая тест-система в России, как сказано, разработана в ГНЦ «Вектор», именно с ее помощью провели десятки тысяч анализов образцов, полученных от пациентов с подозрением на COVID-19.

Наша редакция направила официальные запросы в Роспотребнадзор и Минздрав, чтобы получить характеристики системы ГНЦ «Вектор», а также информацию по организации работы с другими тест-системами. В пресс-службе Минздрава нам сообщили, что все вопросы по ситуации с коронавирусом комментирует оперативный штаб, а от его имени выступает Роспотребнадзор. Роспотребнадзор, в свою очередь, не ответил в установленный законом семидневный срок, и на момент публикации мы ответа так и не получили. Поэтому мы собрали информацию из нескольких источников. В том числе в распоряжении редакции есть инструкция по применению набора ГНЦ «Вектор».

Набор

Что должен включать набор для выявления РНК коронавируса в образцах? Три компонента: реагенты для экстракции РНК, реагенты для обратной транскрипции, то есть перевода РНК в ДНК, и реагенты для ПЦР. Последний компонент состоит из ферментов, буфера и праймеров — олигонуклеотидов, комплементарных каким-либо последовательностям генома коронавируса.

В наборе «Вектора» есть только этот последний компонент, а для выделения РНК и обратной транскрипции предлагается использовать наборы других производителей. В частности, для выделения РНК вируса предлагают использовать «Рибо-сорб» (ЦНИИЭ, Россия) или аналоги, причем работу на этой стадии нужно проводить в помещении с классом биозащиты BSL-3.

Мы предполагаем, что такая «урезанная» комплектация возникла из-за того, что тест нужно было создать очень быстро, поскольку как-то анализы нужно было проводить. Тем не менее это крайне неудобно для лабораторной диагностики.

Контрольные образцы

Тест-системы такого типа всегда включают положительный и отрицательный контрольные образцы. Они есть в тесте «Вектора»: раствор рекомбинантной плазмиды со вставкой ДНК, комплементарной участку генома коронавируса, и очищенная вода.

Однако обычно тест-системы включают еще и внутренний контрольный образец — молекулу РНК, защищенную от действия нуклеаз, которую при анализе добавляют в образец на первой стадии — стадии выделения, чтобы она вместе с мишенью проходила все этапы лабораторного исследования и в конце дала свой собственный сигнал, который покажет, что на всех этапах все было хорошо.

В тесте «Вектора» такого образца нет, поскольку и сам тест не рассчитан на использование с первой стадии. То есть если что-то пойдет не так в конкретной пробирке, определить ошибку будет нельзя.

Чувствительность

Заявленная чувствительность тест-системы ГНЦ «Вектор» — 105*копий плазмид на миллилитр, содержащих вставки ДНК, комплементарные участку генома коронавируса. Высокая это чувствительность или низкая? По современным меркам — низкая.

Например, наборы, которые выпускаются в России для других РНК-мишеней — вирусов гриппа, норовируса, ротавируса — Центральным НИИ эпидемиологии или компанией «ДНК-технология», имеют чувствительность 103*на миллилитр. Разница на два порядка. Даже если не учитывать потери при обратной транскрипции (а чувствительность системы, как следует из инструкции, определяется по числу копий ДНК).

У уже зарегистрированного набора ЦСП чувствительность как раз 103в мазках со слизистой*(так указано в инструкции к набору, которая имеется в распоряжении редакции).*По нашей информации, примерно такой же чувствительности добиваются в разработке НИЦ им. Н.Ф. Гамалеи.

И генеральный директор компании «ДНК-технология» Владимир Колин говорит:

«Мы пока не проверяли на реальных образцах, но рассчитываем выйти на чувствительность 103*на миллилитр».

Наверное, в тех условиях, в которых создавалась система «Вектора» — в России не было клинических образцов от пациентов и штамма коронавируса, а тест необходимо было создавать быстро, — достигнутая чувствительность была приемлемой. Но сейчас, как мы видим, уже есть или разрабатываются более чувствительные наборы.

Чем плоха низкая чувствительность? Возможна ситуация, когда пациент явно инфицирован, но концентрация вируса в пробе у него ниже, чем 105. В этом случае результат тестирования будет отрицательным. Тест не выявит начало заболевания, либо слишком рано будет принято решение о том, что выздоравливающий пациент больше не выделяет вирусы и не может никого инфицировать. А он ходит по улице, и он заразен. (По данным китайских исследователей, выделение вируса может продолжаться до 37 дней.)

Например, по нашей информации, тест «Вектора» выявил у одного из московских пациентов коронавирус только в первый день диагностики, а в следующие дни давал ложноотрицательный результат.

В этом может быть ответ на вопрос, почему в России так мало случаев коронавирусной инфекции. Не исключено, что тест «Вектора» выявляет только верхушку пирамиды — лиц с высокой концентрацией вируса, при этом образцы с концентрациями вирусных геномов 104, 103*считаются «чистыми». А таких относительно легких случаев может быть немало. В результате официальная статистика может неверно отражать эпидемиологическую обстановку, а принятые меры — не соответствовать реальной угрозе.

Специфичность

С ложноотрицательными результатами теста разобрались. Теперь о ложноположительных срабатываниях, то есть о специфичности. Любой тест может показывать у некоторого числа здоровых людей заболевание. В спокойной обстановке в этом нет ничего страшного, поскольку можно десять раз перепроверить анализы у каждого пациента. Совсем другое дело — ситуация эпидемии. В этом случае диагностика опять выдает управленческим структурам недостоверную информацию о количестве инфицированных, принимается решение о проведении клинических и лечебных мероприятий в отношении пациентов, которые вообще не болеют. Ресурсы здравоохранения направляются на ложные цели.

Инструкция к тесту ГНЦ «Вектор» сообщает, что набор «не должен давать положительных результатов с образцами здоровых доноров или образцами, содержащими генетический материал гетерологичных вирусов (вирус гриппа типа А, аденовирус 5 типа, коронавирус SARS, вирус денге 1)». То есть здесь приведен список тех вирусов, при наличии которых в образце тест на новый коронавирус не должен давать позитивного результата — «кроссов». И здесь у теста все хорошо, специфичность 100%.

Однако это вопрос про праймеры для реакции амплификации. Если праймеры специфичны именно к этому вирусу, то все хорошо, если же праймеры могут отжигаться на нецелевую мишень, то получим ложнопозитивный результат. К сожалению, саму последовательность праймеров многие разработчики — не все — держат в секрете, поэтому редакция не располагает информацией, на гены каких именно белков и на какие участки этих генов они созданы.

С другой стороны, ВОЗ пишет, что в настоящее время известно о циркуляции среди населения четырех сезонных коронавирусов (HCoV-229E, -OC43, -NL63 и -HKU1), которые, как правило, вызывают заболевания верхних дыхательных путей — от легких до средней тяжести. Поэтому испытания теста должны проводиться на как можно более широкой панели, чтобы отсечь ложные срабатывания. Желательно, чтобы образцы были от пациентов, либо в панель должны быть включены вирусы, генетически наиболее близкие этому коронавирусу и достаточно широко распространенные.

У нас нет подтвержденной информации о ложных срабатываниях теста на сезонные коронавирусы, но наши источники сообщали, что нашли тот вариант сезонного вируса HCoV-NL63, который дает положительный сигнал на наборах «Вектора». Ложноположительный. Также, по нашим сведениям, эта информация есть у руководства Роспотребнадзора.

Сколько именно неспецифичных срабатываний дает тест, сказать нельзя, но из общих соображений эксперты называют цифру до 10%.

Сравнивая набор «Вектора» с зарегистрированной системой ЦСП, видим, что панель ЦСП шире.

И Колин также говорит, что «ДНК-технология» намерена отработать тест на широкой панели:

«При разработке праймеров часть из них была разработана на общие участки для коронавирусов SARS-CoV и SARS-CoV-2, а часть на специфичные для SARS-CoV-2. Мы планируем проверить на специфичность на широкой панели».

По тест-системам, разрабатываемым другими группами, у редакции достоверной информации нет.

Применение

Теперь самый болезненный для общества вопрос: какие структуры могут диагностировать коронавирус SARS-CoV-2 в России? И вопрос, который следует из первого: будут ли использованы разработки тех организаций, которые мы перечислили выше?

Согласно «Временным методическим рекомендациям по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции» Минздрава и Роспотребнадзора все образцы «биологических материалов в обязательном порядке направляют в научно-исследовательскую организацию Роспотребнадзора или Центр гигиены и эпидемиологии в субъекте Российской Федерации». То же самое подчеркивается в постановлении главного санитарного врача РФ от 2 марта. А эти организации работают только на наборах ГНЦ «Вектор».

Эти требования жестко увязываются с тем, что новый коронавирус отнесен ко II группе патогенности. В письме Роспотребнадзора «О требованиях к организации лабораторных исследований на новую коронавирусную инфекцию (COVID-19)» от 6 марта 2020 года говорится: «Любые клинико-диагностические и лабораторные работы, связанные с использованием потенциального инфицированного/инфицированного новым коронавирусом (COVID-19) материала, могут проводиться исключительно в лабораториях имеющих лицензию на осуществление деятельности в области использования возбудителей инфекционных заболеваний человека и животных II степени потенциальной опасности».

Однако до сих пор работать с патогенами, отнесенными ко II группе, было можно с некоторыми ограничениями и в лабораториях, где разрешена работа c группами только III-IV. Вот цитата из «Постановления Главного государственного санитарного врача РФ от 28 января 2008*г.*N*4 "Об утверждении санитарно-эпидемиологических правил СП 1.3.2322-08"»:

«2.1.6. Исследования на холеру и ботулинический токсин, выполняемые с целью профилактики холеры и ботулизма, иммунологические (серологические) исследования по обнаружению в крови людей антигенов микроорганизмов II группы патогенности (без накопления возбудителя) и/или антител к ним, ПЦР-исследования (без накопления возбудителя) по детекции в клиническом материале возбудителей бруцеллеза, парентеральных вирусных гепатитов В и С, СПИД и других микроорганизмов II группы патогенности, регламентированные действующими нормативно-методическими документами, могут проводиться в лабораториях, работающих с микроорганизмами III группы патогенности. Иммунологические (серологические) исследования и ПЦР-исследования проводят в боксированном помещении или в боксе биологической безопасности».**

Что это значит? Это значит, что СанПин позволяет работать с вирусами из II группы методом ПЦР в условиях III–IV группы. Так, например, работают по всей стране с ВИЧ, который тоже отнесен ко II группе. В том случае, если опасный патоген не собираются наращивать в культуре или инфицировать им лабораторных животных, а исследуют его генетический материал, пробирку с образцом открывают в ламинарном шкафу и добавляют в нее вещество, разрушающее вирус (например, гуанидинизотиоцианат). После этого фактически речь идет не о вирусе, а о его белках, ДНК или РНК.

Тем не менее сейчас круг лабораторий, которые могут диагностировать инфекцию SARS-CoV-2, ограничен Роспотребнадзором.

Из этих ограничений следует и практически монополия ГНЦ «Вектор» и других структур на образцы и штаммы коронавируса. Сейчас уже можно купить в Европе штамм, и его приобретение было бы важным для разработчиков тест-систем. Формальных запретов на его провоз в Россию нет, но нужно получить разрешение Федеральной службы по техническому и экспортному контролю (ФСТЭК), а та просит санитарно-эпидемиологическое заключение, которое по второй группе выдает опять же лишь Роспотребнадзор. Процесс может тянуться годами.

Еще одно последствие: перепроверить результат анализа сейчас может только ГНЦ «Вектор» (предположительно, с помощью второй тест-системы, информации о которой нет сейчас ни у кого, кроме самого производителя).

Клинические испытания новых тест-систем тоже проводит «Вектор», говорит Колин:

«Это сейчас единственный путь. Только у “Вектора” есть образцы. Не знаю, сколько это займет по времени. Я знаю, что у них ресурса не очень много, и нагрузка для них высокая. Все перепроверки ведь высылаются туда. А вот в Европе запускается программа по созданию наборов по коронавирусу. Чтобы производители могли как-то отвалидироваться, Европа предоставляет панели, которые можно закупить. В Европе есть такая программа, в России нет».

Из общих соображений следует, что для здравоохранения было бы только хорошо, если бы характеристики системы ГНЦ «Вектор» изучили в других лабораториях, работающих с вирусами. Например, в США изначально наборы для выявления коронавируса разработали в Центрах по контролю и профилактике заболеваний (CDC) — американском аналоге медицинской части Роспотребнадзора. И их поставили в различные лаборатории страны. Довольно быстро выяснилось, что один из компонентов системы работает неадекватно и, вероятно, его придется заменить. В конце концов 29 февраля FDA выпустило новое руководство, которое позволяет коммерческим, академическим и правительственным лабораториям самостоятельно разрабатывать и использовать тесты для выявления SARS-CoV-2.

Понятно, что если коммерческие лаборатории в России захотят проводить тестирование на SARS-CoV-2, то они смогут воспользоваться любой тест-системой, которая получит регистрационное удостоверение. Однако неясно, как в этом случае будет выстраиваться взаимодействие с системой Роспотребнадзора.

Масштабирование производства

«Можно создать набор с самыми лучшими характеристиками, но при его производстве в больших количествах нужно обеспечить стабильность, стандартизацию, — говорит Колин. — Я не могу на сто процентов утверждать, не зная производства “Вектора”, но могу предположить, что у них скорее всего не крупносерийное производство, а мелкосерийное. А для меня понятно, что компании с хорошим производством будут стабильнее производить наборы в больших количествах, чем мелкосерийные. Там много всяких факторов возникает, тот же самый менеджмент качества — ISO менеджмента качества 13485, который у нас есть… Я сейчас еще в некотором другом статусе говорю, как председатель Ассоциации российских производителей средств клинической лабораторной диагностики… Как у нас государство работает в кризисной ситуации, какие тут правила работы, как государство использует ресурсы, которые существуют в стране? Есть три действительно крупных производителя, в масштабах даже Европы и мира: ЦНИИЭ Роспотребнадзора, «Вектор-Бест» (они, кстати, тест не делают пока) и мы. И вот казалось бы, в стране можно было бы использовать ресурсы крупных производителей. Но почему-то пошли по другому пути. Мне кажется, что он не совсем оптимальный».

Отсутствие конкуренции — это рай?

Когда в мире произошла вспышка атипичной пневмонии, в 2003 году четыре организации в России разработали ПЦР-тесты на выявление возбудителя — коронавируса SARS-CoV. Роспотребнадзор издал приказ о сравнительных испытаниях. Был очень быстро получен вирус, и все разработчики могли испытывать на нем свои системы. Сравнительные испытания проводились в 48 ЦНИИ МО РФ, панели контрольных образцов были зашифрованы. Затем результаты всех тестов вскрыли и сравнили.

Довольно большая разница с тем, что происходит сейчас, не так ли?

Все наши источники сходятся в том, что нужно дать возможность работать с клиническим материалом и применять свои тест-системы и государственным и коммерческим игрокам этого рынка. Но сейчас в условиях распространяющейся*эпидемии только структуры Роспотребнадзора (и то не все) имеют эксклюзивное право на получение всех федеральных денег по этой тематике на исследования, разработку вакцин и тестирование препаратов, диагностику всех инфекционных материалов в сети своих организаций.

Информация

Как мы написали выше, мы не получили ответа от Роспотребнадзора на наш официальный запрос на информацию. В таком же положении находятся все СМИ в стране. Но мы открыты к сотрудничеству и с удовольствием опубликуем ответы на наши вопросы. Предварительно проверив, разумеется.

Взято отсюда: https://pcr.news/stati/test-na-koronavirus-dlya-rossii/

[Juli_V]

Bright, да эти пустые полки разовые акции.
Нет дефицита, есть придурки, скупают товары тоннами. Саранча такая пройдет и все пусто. Бедной Мусечке кг гречки не купишь.
А с утра завоз.
Вообще уже рбк сообщила о резком росте таких закупок. В частности по Москве в два раза за последние дни.

С масками та же хрень. Я на прошлой неделе купила упаковку потому что в аптеке буквально впарили. Валяется в сумке.

[Roby-зайка]

Если я не ослышалась, была далеко от радио, то Италия установила рекорд сегодня. 366 или 368 смертей за 24 часа.

[Roby-зайка]

Подтверждено.

[merryminx]

Сообщение от Kafka68

Про тесты и тестирование:
Взято отсюда: https://pcr.news/stati/test-na-koronavirus-dlya-rossii/

Не всё там правда Про контроли, выделение и тыды. А вот по основным параметрам тест-системы - чувствительности и специфичности, действительно, должны возникать вопросы, если верить официальным данным о более чем 90 тысячах проведенных тестов, и всего десятках положительных результатов.

[nat&]

Докладываю. У нас в пятёрке гречи нет, только немного какой-то по 80 рэ за 700 грамм, риса дешёвого тоже нет, туалетной бумаги полно. Купила немного макарон, упаковку бумаги и банку ветчины распродажной. Вернулась домой с чувством полного удовлетворения, сделала запасы .

[CanisS]

Все твитты прекрасны.

https://twitter.com/engineers_feed/s...34194183684096