Пропадали - в смысле умирали или физически исчезали из гнезда? Дык, это...
сука их сожрала значить. Так бывает, если сука ослаблена, плохо кормлена или щенки нежизнеспособны. Возможно, она пожирала уже умерших щенков, побуждаемая инстинктом очищать логово от трупиков.